Ο Α.Π.Ο. Περαμαϊκός υπήρχε ανεπίσημα από το 1952 και επίσημα ιδρύθηκε το 1953. Τρία χρόνια αργότερα το 1956 αφήνει τη Δόκιμη κατηγορία της ΕΠΣΠ και εντάσσεται στα επίσημα πρωταθλήματά της, ξεκινώντας την περίοδο 1956-57 στη Δ' Κατηγορία. Το 1970 ανέβηκε στην Α' Κατηγορία, όπου και έκτοτε καθιερώθηκε. Το 1972 ήταν φιναλίστ της πρώτης διοργάνωσης του Κυπέλλου Πειραιά που διεξήχθη, με αντίπαλο τον Α.Σ. Ποντίων Δραπετσώνας. Το 1975 κατέκτησε για πρώτη φορά το πρωτάθλημα Πειραιά και προκρίθηκε στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου, χάνοντας την άνοδο στην Β' Εθνική κατηγορία. Ωστόσο, το 1977-78 σαν πρωταθλητής Πειραιά, αγωνίστηκε στην πρώτη διοργάνωση του Εθνικού ερασιτεχνικού πρωταθλήματος (ανεπίσημη Γ' Εθνική) από όπου και υποβιβάστηκε. Το 1983 αναδείχθηκε υπερπρωταθλητής Πειραιά και την δεκαετία 1984-1994 (1983-84 μέχρι 1993-94) αγωνίστηκε στην Δ' Εθνική κατηγορία. Ενδιάμεσα, το 1985-86 κατέκτησε το πρωτάθλημα και την περίοδο 1986-87 αγωνίστηκε στην επίσημη πλέον Γ' Εθνική κατηγορία, όπου όμως υποβιβάστηκε τερματίζοντας στην 17η θέση σε σύνολο 20 ομάδων του Νοτίου ομίλου. Το 1991-92 επικρατώντας 1-0 του Μανδραϊκού στον τελικό στο Στάδιο Γεώργιος Καραϊσκάκης αναδείχθηκε για πρώτη φορά κυπελλούχος Πειραιά.
Τα επόμενα χρόνια συνέχισε στο πρωτάθλημα Πειραιά και το 1997 συγχωνεύτηκε με τους Εθνικό Περάματος και Δόξα Περάματος δημιουργώντας τον «Α.Ο. Πέραμα». Ωστόσο όμως, το 2000-01 υποβιβάζεται για πρώτη φορά από το 1970 στη Β' Κατηγορία, από όπου κατάφερε αμέσως να επανέλθει και αμέσως οι διοικούντες τροποποιούν το καταστατικό, επαναφέροντας το όνομα του ιστορικού συλλόγου.Στη συνέχεια τις περιόδους 2004-05 και 2005-06 κατέκτησε το Κύπελλο και το 2006-07 με γκολ 64 υπέρ και μόλις 10 κατά κατέκτησε με άνεση το πρωτάθλημα και την άνοδο στην Δ' Εθνική, όπου όμως την επόμενη περίοδο 2007-08 υποβιβάστηκε. Το 2011-12 κατέκτησε εκ νέου το πρωτάθλημα Πειραιά και επέστρεψε στην Δ' Εθνική, όπου αμέσως την περίοδο 2012-13 κέρδισε την άνοδο στην Γ' Εθνική. Την περίοδο 2013-14 αγωνίστηκε στην Γ' Εθνική, όπου τερματίζοντας στην 13η θέση σε σύνολο 15 ομάδων του 6ου ομίλου υποβιβάστηκε στο πρωτάθλημα Πειραιά.
Συνέχισε να αγωνίζεται στο πρωτάθλημα του Πειραιά μέχρι την περίοδο 2016-17, όποτε και αποσύρθηκε για πρώτη φορά στην ιστορία του, έπειτα από αδυναμία συμμετοχής λόγω οικονομικών προβλημάτων και παρέμεινε ανενεργός και την επόμενη (2017-18) αγωνιστική περίοδο. Το καλοκαίρι του 2018 αποφασίστηκε η επαναδραστηριοποίηση του συλλόγου έπειτα από 2 χρόνια αδράνειας και από την περίοδο 2018-19 θα ξεκινήσει εκ νέου την αγωνιστική του πορεία από την Γ' κατηγορία του πρωταθλήματος Πειραιά. Αναδείχθηκε δευτεραθλητής της Γ΄ Κατηγορίας και κέρδισε την άνοδο στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία των πρωταθλημάτων της Ε.Π.Σ. Πειραιά
